Classement de 1910.
Le premier inventaire de la série U des Archives des Bouches-du-Rhône est publié en 1910 par Raoul Busquet, archiviste départemental. Il concerne le fonds départemental (ou de la préfecture) conservé à Marseille (1 U à 11 U) et le fonds du parquet général conservé à Aix-en-Provence (12 U à 142 U).
Suppléments antérieurs à 1998.
Afin de décrire les fonds entrés postérieurement à la publication de 1910, un supplément est rédigé par Charles Foucard, sous-archiviste, sous la direction d’Augustin Roux, archiviste du département. Ce supplément est l'occasion d'ajouter de nouvelles sous-séries (143 U à 150 U). D'autres sous-séries sont créées au fil des entrées, dont 208 U.
Classement de 2001.
En 2001, il est fait le choix de classer les fonds suivant leur origine et pertinence. Une nouvelle cotation est adoptée, de 2 U 1 à 4. Les nouvelles cotes sont inscrites sur les documents mais pas dans l’instrument de recherche, obligeant à recourir constamment à des tables de concordance entre anciennes et nouvelles cotes. Le répertoire numérique alors établi reprend celui de Raoul Busquet, le supplément de Charles Foucard et intègre les entrées réalisées depuis 1998. Le chantier mené sous la direction de Liberto Valls, conservateur en charge du site aixois des Archives départementales, n’inclut pas les ensembles suivants : 1/ La sous-série 208 U 1-32, regroupant plus de 4 900 dossiers d’affaires pénales (correctionnelles et criminelles), fait l’objet d’un inventaire séparé ; 2/ les instruments de recherche des fonds des justices de paix des deux cantons d’Aix-en-Provence (4 U 1 et 4 U 2), du tribunal de simple police d’Aix-en-Provence (4 U 3), du tribunal de première instance d’Aix-en-Provence (3 U 1), du conseil des prud’hommes d’Aix-en-Provence (5 U 1) et du tribunal de commerce d’Aix-en-Provence (6 U 1) figurent séparément de la série 2 U, dans le même répertoire ; les répertoires méthodiques des sous-séries 3 U 1 et 5 U 1 doivent également faire l’objet d’une reprise en raison d’entrées postérieures à leur rédaction. Par ailleurs, la cotation adoptée en 2001 s’inspire de la circulaire AD 98-8 du 18 décembre 1998. Les fonds sont répartis ainsi : parquet général (2 U 1 et 2 U 2) ; cour d’appel, cour régionale des pensions, documents transmis par la cour de cassation, dossiers de procédure correctionnels et criminels (2 U 2) ; tribunal criminel puis cour de justice criminelle, cour d’assises des Bouches-du-Rhône (2 U 4) ; tribunal criminel spécial, puis cour de justice criminelle spéciale (2 U 3) ; cour prévôtale des Douanes d’Aix-en-Provence et cour prévôtale des Bouches-du-Rhône (2 U 1). Règlementairement, les trois juridictions d’exception (tribunal criminel spécial puis cour de justice criminelle spéciale, cour prévôtale des Douanes d’Aix-en-Provence, cour prévôtale des Bouches-du-Rhône) auraient dû être cotées en 7 U. Néanmoins, en raison de l’ancienneté de leur cotation avec les autres juridictions en 2 U, notamment avec les fonds du parquet général, il n'est pas jugé opportun de bouleverser leurs cotations : elles sont placées à la fin de l’instrument de recherche.
Révision de 2019.
En 2018, le transfert des fonds vers Marseille et le changement de logiciel des archives constituent un contexte favorable pour réviser les instruments de recherche de la série U : les fonds judiciaires aixois récemment transférés sont les premiers traités. Ainsi, des modifications sont apportées en matière de cotation : 1/ les cotes des sous-séries 2 U 1 à 4 sont mises à jour. Après de nombreuses vérifications et corrections, elles concordent désormais avec celles mentionnées sur les dossiers ; 2/ de nouvelles cotes sont créées, notamment pour les 4 900 dossiers de procédure pénaux - précédemment cotés en 208 U - qui sont alors répartis dans trente-neuf rubriques de délits ou pour les pièces éparses récupérées au gré des versements ; 3/ suppression des articles avec « bis » et cotation directe de quelques articles ; 4/ certaines cotes ont fait l’objet d’une recotation spéciale avec la réutilisation des cotes vacantes ; 5/ mise à jour des tables de concordance entre anciennes et nouvelles cotes. Par ailleurs, les index des noms de personnes et de lieux sont séparés en deux groupes d’index : d’une part pour le parquet général (coté en 2 U 1 et 2 U 2) et d’autre part pour les dossiers de procédure pénaux (cotés en 2 U 2) ; petit index séparé aussi pour 2 U 3. Enfin, un nouveau plan de classement est également adopté : cour d'appel d'Aix-en-Provence (fonctionnement général, parquet général, greffe), tribunaux criminels et cour d'assises des Bouches-du-Rhône, dossiers de procédure émanant de la cour d'appel d'Aix-en-Provence, des tribunaux criminels et de la cour d'assises des Bouches-du-Rhône, juridictions d'exception (tribunal criminel spécial puis cour de justice criminelle spéciale, cour prévôtale des douanes d’Aix-en-Provence, cour prévôtale des Bouches-du-Rhône).
